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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaatcagattgggcccatgctctttaaattttaataaatgtttttgtatgatgaaatgtttgctgttctaaaagatattgttgatcaacttgtgttgcagGGAGAGTGTGAACTTATCAAAATCGATATCAATTGCCATATTCAAGGTGATGTTGTCATTGAGAGCATTAACTTGAATGGTAACATGGATCGTGAAAAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G36440.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G36440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv11s0016g00160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
-aaatcagattgggcccatgctctttaaattttaataaatgtttttgtatgatgaaatgtttgctgttctaaaagatattgttgatcaacttgtgttgcagGGAGAGTGTGAACTTATCAAAATCGATATCAATTGCCATATTCAAGGTGATGTTGTCATTGAGAGCATTAACTTGAATGGTAACATGGATCGTGAAAAGA
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gtgtctatgatttttttttgttctatttataccaagtgcaatttcaaattggtccaatcttaaccctattgtctggaatccctaaacaatgt-tcttgcagGAGGAATGTGAACTAGTTAAAATTGACATCAATTGCCATATTCAAGGAGATGTTGTGCTCGAGTGTATTAACTTGAATGATGACACAGAATATGAGGAAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatgatgaaatgtttgctgttctaaaagatattgttgatcaacttgtgttgcagGGAGAGTGTGAACTTATCAAAATCGATATCAATTGCCATATTCAAGGTGATGTTGTCATTGAGAGCATTAACTTGAATGGTAACATGGATCGTGAAAAGA
                    ttctaaaagatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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aaatcagattgggcccatgctctttaaattttaataaatgtttttgtatgatgaaatgtttgctgttctaaaagatattgttgatcaacttgtgttgcagGGAGAGTGTGAACTTATCAAAATCGATATCAATTGCCATATTCAAGGTGATGTTGTCATTGAGAGCATTAACTTGAATGGTAACATGGATCGTGAAAAGA

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- - - - - - - -catgctc
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