Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcatacaattacttattattttatctcttgattatgctgcctgaactacatgtgaactatagctatgttgatattctttgctggtattttgctgggttgagatagaaaagagataattatggctacttgcttatgatgttttgtattatacagTGATACAACAAAGAATGTTTTGATTGCTTCTACATTTATTCATTTGAAGTGCATTGGCTTTGGAAAATATGCTTCTGACCTCCCATCAGTGTCTCCACGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G17410.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G17410.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0005g00200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtgcatacaattacttattattttatctcttgattatgctgcctgaactacatgtgaactatagctatgttgatattctttgctggtattttgctgggttgagatagaaaagagataattatggctact--tgcttatgatgttttgtatta-tacagTGATACAACAAAGAATGTTTTGATTGCTTCTACATTTATTCATTTGAAGTGCATTGGCTTTGGAAAATATGCTTCTGACCTCCCATCAGTGTCTCCACGA
                                                   || | ||  ||   ||  |  || || |||||  |||   |||||  |  |  ||   ||   ||  |  ||| || |  |   | |||  || ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  || ||||||| |   |||   |||| ||| ||| |    |||||| | || || | ||| |||
---------------------------------------------------at-taaatcat--ttagataaatgttttttgcctgtag--tgctgcat--atttaagtaatgaatcttggtggttaatgctaaatgtgacattgtgtattgctacagTGATACAACAAAGAACGTTTTGATTACTTCCACATACATACATTTGATGCATATTAAATTTGCAAAGTATACCATGGACCTCTCTTCCGTTTGTCCGCGA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagatagaaaagagataattatggctacttgcttatgatgttttgtattatacagTGATACAACAAAGAATGTTTTGATTGCTTCTACATTTATTCATTTGAAGTGCATTGGCTTTGGAAAATATGCTTCTGACCTCCCATCAGTGTCTCCACGA
       aaaagagataattat  TA-rich tract