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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagtaatatgcttcatgtatttacattataaactactatattttttcaattctaaactttgttcattgatatattatgggttccttagcatggaatttagATCTTTCAGCAGCTGACGAATAGTATCATTAGTACTGCTGATATAGCTTCTTCTGTGAGTATCTTGGAAGCCCAGAGTGCTCCAATAAATGGAATGCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G17400.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U12 (go to U12 genes for details)


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaattctaaactttgttcattgatatattatgggttccttagcatggaatttagATCTTTCAGCAGCTGACGAATAGTATCATTAGTACTGCTGATATAGCTTCTTCTGTGAGTATCTTGGAAGCCCAGAGTGCTCCAATAAATGGAATGCAAG
                                   ttccttagc  putative branch site 
                ttcattgatatattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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tagtaatatgcttcatgtatttacattataaactactatattttttcaattctaaactttgttcattgatatattatgggttccttagcatggaatttagATCTTTCAGCAGCTGACGAATAGTATCATTAGTACTGCTGATATAGCTTCTTCTGTGAGTATCTTGGAAGCCCAGAGTGCTCCAATAAATGGAATGCAAG

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- - - - tgcttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttcctt