1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cataatgagaaaatctgtttaaatagattaagattaattgtacaatataacaatgtgattgattcaacagagtctgaacaactttagtcatttgattcagGGACATGGGTTTCACATGAAAGCAAGCAACTGTCGTTACATGGTTGTATATCAGTATGGGTCAGCTGTTTTGTTTAATATTGAGGATCATGAAGTGGAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G12560.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGCTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAAT GGACATGGGTTTCACATGAAAGCAAGCAACTGTCGTTACATGGTTGTATATEST: gi|26060247|gb|CA803161.1|CA803161
genomic: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGCTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAATgtaagattta ... tttgattcagGGACATGGGTTTCACATGAAAGCAAGCAACTGTCGTTACATGGTTGTATAT
EST: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGCTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAAT GGACATGGGTTTCACATGAAAGCAAGCAACTGTCGTTACATGGTTGTATATEST: gi|298172536|gb|HO019576.1|HO019576
genomic: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGCTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAATgtaagattta ... tttgattcagGGACATGGGTTTCACATGAAAGCAAGCAACTGTCGTTACATGGTTGTATAT
EST: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGCTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAAT GGACATGGGTTTCACATGAAAGCAAGCAACTGTCGTTACATGGTTGTATATEST: gi|7924384|gb|AW830410.1|AW830410
genomic: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGCTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAATgtaagattta ... tttgattcagGGACATGGGTTTCACATGAAAGCAAGCAACTGTCGTTACATGGTTGTATAT
EST: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGCTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAAT GGACATGGGTTTCACATGAAAGCAAGCAACTGTCGTTACATGGTTGTATAT
genomic: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGCTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAATgtaagattta ... tttgattcagGGACATGGGTTTCACATGAAAGCAAGCAACTGTCGTTACATGGTTGTATAT
tataacaatgtgattgattcaacagagtctgaacaactttagtcatttgattcagGGACATGGGTTTCACATGAAAGCAAGCAACTGTCGTTACATGGTTGTATATCAGTATGGGTCAGCTGTTTTGTTTAATATTGAGGATCATGAAGTGGAAA
atttgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cataatgagaaaatctgtttaaatagattaagattaattgtacaatataacaatgtgattgattcaacagagtctgaacaactttagtcatttgattcagGGACATGGGTTTCACATGAAAGCAAGCAACTGTCGTTACATGGTTGTATATCAGTATGGGTCAGCTGTTTTGTTTAATATTGAGGATCATGAAGTGGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - gaaaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagtctg