1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...atgatgcaaaaaaaaaaattgtttgtctataagaattaagaaaacacattcatggaatgctagcttttatgaggatgaagtgtaacacatctacaaacagGTGGCTGAACTCAAGACAGGTCTTGGGCCCCTCTCTGGTCGTCGATTAAAGTATTGCACAGATGCATGTCTAAGGAGATATTTAGAAGCAAGAAACTGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G06380.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCAAACCCAGAATAACCAGGAGAATGATTCCTCATATCAAGATACAAAG GTGGCTGAACTCAAGACAGGTCTTGGGCCCCTCTCTGGTCGTCGATTAAAGEST: gi|208036716|gb|GD837361.1|GD837361
genomic: GGCAAACCCAGAATAACCAGGAGAATGATTCCTCATATCAAGATACAAAGgtaaacttct ... ctacaaacagGTGGCTGAACTCAAGACAGGTCTTGGGCCCCTCTCTGGTCGTCGATTAAAG
EST: GGCAAACCCAGAATAACCAGGAGAATGATTCCTCATATCAAGATACAAAG GTGGCTGAACTCAAGACAGGTCTTGGGCCCCTCTCTGGTCGTCGATTAAAG
genomic: GGCAAACCCAGAATAACCAGGAGAATGATTCCTCATATCAAGATACAAAGgtaaacttct ... ctacaaacagGTGGCTGAACTCAAGACAGGTCTTGGGCCCCTCTCTGGTCGTCGATTAAAG
acattcatggaatgctagcttttatgaggatgaagtgtaacacatctacaaacagGTGGCTGAACTCAAGACAGGTCTTGGGCCCCTCTCTGGTCGTCGATTAAAGTATTGCACAGATGCATGTCTAAGGAGATATTTAGAAGCAAGAAACTGGA
gtgtaac putative branch site (score: 3)
ttttatga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgatgcaaaaaaaaaaattgtttgtctataagaattaagaaaacacattcatggaatgctagcttttatgaggatgaagtgtaacacatctacaaacagGTGGCTGAACTCAAGACAGGTCTTGGGCCCCTCTCTGGTCGTCGATTAAAGTATTGCACAGATGCATGTCTAAGGAGATATTTAGAAGCAAGAAACTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
-tgatgca
- - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaggatg