1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tttcttattcttactagttgttgatttgccaatcaagcgcattcatattaattttgtggcattgtatattaatgttttagtgcttaatttgtcaatacagGTGTATATAAATTCTTCCAATGTGGATGACTATCTCGTGGAATCTATAACAAGGCCAGCTCAAGATCCAAATGCCGGAGAAGTTTACTACAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G06170.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATTCTGGCAGGCAAAGCAACCAGCTCGGATTCTGTCAGTTCTAAAAAGT GTGTATATAAATTCTTCCAATGTGGATGACTATCTCGTGGAATCTATAACA
genomic: TATTCTGGCAGGCAAAGCAACCAGCTCGGATTCTGTCAGTTCTAAAAAGTgtatgttact ... gtcaatacagGTGTATATAAATTCTTCCAATGTGGATGACTATCTCGTGGAATCTATAACA
tattaattttgtggcattgtatattaatgttttagtgcttaatttgtcaatacagGTGTATATAAATTCTTCCAATGTGGATGACTATCTCGTGGAATCTATAACAAGGCCAGCTCAAGATCCAAATGCCGGAGAAGTTTACTACAG
attgtatattaatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcttattcttactagttgttgatttgccaatcaagcgcattcatattaattttgtggcattgtatattaatgttttagtgcttaatttgtcaatacagGTGTATATAAATTCTTCCAATGTGGATGACTATCTCGTGGAATCTATAACAAGGCCAGCTCAAGATCCAAATGCCGGAGAAGTTTACTACAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - gttgttg
- - - - - - - - - - - - - - ccaatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttagtgc