1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aaagcacctaaacaactaaatctaagatttgtccttacctaatttggttttactaatataagtgatgatgtggtttgtgtttgtggggttgggtgtgcagGAACCAGGAAGAGCAGAGAGAGCTTTTGCTAGATATGATTATTTGACAGTGATGAAGAAGTTTTTGCTGATAACACGGACAGATATTCTAGCATCTCCAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G05880.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAACTATCAGGAAATTAATTGGAGATGAGAGTCATGTCTGCCAGTTCCAG GAACCAGGAAGAGCAGAGAGAGCTTTTGCTAGATATGATTATTTGACAGTGEST: gi|14126417|gb|BG790855.1|BG790855
genomic: AAACTATCAGGAAATTAATTGGAGATGAGAGTCATGTCTGCCAGTTCCAGgttccttgtt ... gggtgtgcagGAACCAGGAAGAGCAGAGAGAGCTTTTGCTAGATATGATTATTTGACAGTG
EST: AAACTATCAGGAAATTAATTGGAGATGAGAGTCATGTCTGCCAGTTCCAG GAACCAGGAAGAGCAGAGAGAGCTTTTGCTAGATATGATTATTTGACAGTG
genomic: AAACTATCAGGAAATTAATTGGAGATGAGAGTCATGTCTGCCAGTTCCAGgttccttgtt ... gggtgtgcagGAACCAGGAAGAGCAGAGAGAGCTTTTGCTAGATATGATTATTTGACAGTG
ggttttactaatataagtgatgatgtggtttgtgtttgtggggttgggtgtgcagGAACCAGGAAGAGCAGAGAGAGCTTTTGCTAGATATGATTATTTGACAGTGATGAAGAAGTTTTTGCTGATAACACGGACAGATATTCTAGCATCTCCAC
tactaat putative branch site (score: 1)
tactaatataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaagcacctaaacaactaaatctaagatttgtccttacctaatttggttttactaatataagtgatgatgtggtttgtgtttgtggggttgggtgtgcagGAACCAGGAAGAGCAGAGAGAGCTTTTGCTAGATATGATTATTTGACAGTGATGAAGAAGTTTTTGCTGATAACACGGACAGATATTCTAGCATCTCCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - cacctaa
- - - - - - - - - - - - - - - - ccttacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgtggg