Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtattgtattgtatttagtgagctactttttgtggggtccagctagtgtgtgttttgatgtgtaagagatagagattaggaaatagtctatgcagtgttgcacatgtgactttgatgtgctttttgtgggtagAAATGGTGGATGGTGCATGCACGATGAAGCTGCGACACACTACATTGACATGATTGATCAAACCACTTTGGGCCATCGTTTCATCAAGGATCGGTTTAAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G05240.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213606589|gb|DB959029.1|DB959029
EST:     ACACAAGAACAAGTGAAAAAGCTTGTGGATGAGGGGCAGCTAGAATTCAT                         AAATGGTGGATGGTGCATGCACGATGAAGCTGCGACACACTACATTGACAT
genomic: ACACAAGAACAAGTGAAAAAGCTTGTGGATGAGGGGCAGCTAGAATTCATgtacgtattg ... ttgtgggtagAAATGGTGGATGGTGCATGCACGATGAAGCTGCGACACACTACATTGACAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggaaatagtctatgcagtgttgcacatgtgactttgatgtgctttttgtgggtagAAATGGTGGATGGTGCATGCACGATGAAGCTGCGACACACTACATTGACATGATTGATCAAACCACTTTGGGCCATCGTTTCATCAAGGATCGGTTTAAC
                               ctttgat  putative branch site (score: 5)
                                       tgcttttt  CT-rich tract
                                          tttttgt  TA-rich tract