Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaggtgtccacattattgataagttggatgtgctttttacagcttttgggtatttgatgtcaaaaccatgtagcataatttttctaccatttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGGCTATCACTCACTGACATCAAGATCGATATTAAGAGGATCCCCAAGAAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G00680.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G00680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g40880.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
--gaggtgtccacattattgataagttggatgtgctttttacagcttttgggtatttgatgtcaaaaccatgtagcataatttt-tctaccatttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGGCTATCACTCACTGACATCAAGATCGATATTAAGAGGATCCCCAAGAAGA
      |||   |  |  | ||   |   ||  |  ||    |  || | |   ||||||      |   | |  ||||| | | | | |  |   |   ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||  | |||||||||||||| || || |||||||||||||| || || ||  |  |||| |||||||
ctattatgttatcgctgctcatttttctaatcggagttaattatattgtagtgctttgattattgga---tatcacataactctgttttctgtgaatcaccagGCACTTGTGGATGCTCCTGACATGGTCAGGTGCCAGATCAACTTCAAGAGGCTTTCCCTGACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCGAAGAAGA

upper sequence: GLYMA02G00680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G140116_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
--gaggtgtccacattattgataagttggatgtgctttttacagcttttgggtatttga-tgtcaaaaccatgtagcataatttttctaccatttgttgac-agGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGGCTATCACTCACTGACATCAAGATCGATATTAAGAGGATCCCCAAGAAGA
   ||    | |  |    | |   |||  | |   | || | |   |||  || |  |   |  || || |    |||    ||  | |  | |||  || |||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || || ||  |  ||||||||||||
tctagcaacctatctctgcgttgccttgattatttgtcttgctgtaattgattaatcaagcattcaagccct----catcgccttgttgcattctgtgaaccagGCACTTGTGGATGCCCCTGATATGGTCAGGTGCCAGGTGAACTTCAAGCGGCTCTCACTTACTGACATCAAGATTGACATCAAACGTGTCCCCAAGAAGA

upper sequence: GLYMA02G00680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G028883_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gaggtgtccacattattgataagttggatgtgcttttt-acagcttttgggtatttgatgtc-aaaaccatgtagcataatttttctaccatttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGGCTATCACTCACTGACATCAAGATCGATATTAAGAGGATCCCCAAGAAGA
      |    ||     || | ||  |  |  |||   | |    | |   ||||| | ||  |       |   ||  | | | | |  | || |   |||||||||||||||| || ||||||||  | | |||| ||||||||||| |||| || || |||||||||||||| || |||||  |  |||| |||||||
--tacatgtgaatctgaaattacttctagctattttgagataatcgtcgttgatttgctttctgatgttgattgaaattttgtattttctgtctggtattagGCTCTTGTTGATGCCCCCGACATGGTTCGTTGCCAAATGAACTTCAAGCGGCTTTCCCTGACTGACATCAAGATTGACATTAAACGTGTCCCAAAGAAGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151408686|gb|EV278494.1|EV278494
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|31474545|gb|CD416573.1|CD416573
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|7639446|gb|AW733769.1|AW733769
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|41146190|gb|CK606401.1|CK606401
EST:     AAGAGTATGGGGGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCCGACATGGTGAGGCCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|192299057|gb|FG990385.1|FG990385
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|31309420|gb|CD394623.1|CD394623
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|151405848|gb|EV275663.1|EV275663
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|192326906|gb|FK019198.1|FK019198
EST:     AAGAGTATGGGGGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|192310170|gb|FK000678.1|FK000678
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|58023951|gb|CX710692.1|CX710692
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|209701605|gb|BW655866.1|BW655866
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|31461690|gb|CD403718.1|CD403718
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATNGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|298169651|gb|HO021011.1|HO021011
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|254348775|gb|GR852454.1|GR852454
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|192310169|gb|FK000677.1|FK000677
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
EST: gi|209701606|gb|BW655867.1|BW655867
EST:     AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGG                         GCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG
genomic: AAGAGTATGGGAGGCTCGTGGTTATTGTCGATGTCATTGACCAGAATAGGgtatgccctt ... ttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgggtatttgatgtcaaaaccatgtagcataatttttctaccatttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGGCTATCACTCACTGACATCAAGATCGATATTAAGAGGATCCCCAAGAAGA
      atttgat  putative branch site (score: 5)
                                 tttttctaccattt  putative PPT
                             ataatttttcta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gaggtgtccacattattgataagttggatgtgctttttacagcttttgggtatttgatgtcaaaaccatgtagcataatttttctaccatttgttgacagGCTCTTGTTGATGCTCCTGACATGGTGAGGTCCCAAGTGAACTTCAAGAGGCTATCACTCACTGACATCAAGATCGATATTAAGAGGATCCCCAAGAAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - tgtccac
- - - - - - - - - - - - -ggatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaaacc