Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctaattatgctgtttatatgtcttgttaactgctatccaagctcaagctaaattttcattcactatctgatggggatggatattcatgtatgcttttagGTGGTATTTATCTCATGGAAATACACCGTATCCTTCGTCCCGGAGGATTTTGGGTTTTGTCTGGTCCACCTGTTAACTACGAGCACAGGTGGCGTGGATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G35220.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193328157|gb|FK293394.1|FK293394
EST:     CTTTGATATGGCTCATTGCTCCAGATGCCTTATCCCATGGACAGAATTCG                         GTGGTATTTATCTCATGGAAAATAACACCGTATCCTTCGTC
genomic: CTTTGATATGGCTCATTGCTCCAGATGCCTTATCCCATGGACAGAATTCGgtaattcttc ... atgcttttagGTGGTATTTATCTCATGGAAA-TA-CACCGTATCCTTCGTC
EST: gi|193418566|gb|FK383980.1|FK383980
EST:     TTTGATATGGCTCATTGCTCCAGATGCCCTTATCCCATGGACAGAATTCG                         GTGGTATTTATCTCTATAGGAAAATAACACCGTATCCTTCGTC
genomic: TTTGATATGGCTCATTGCTCCAGATGCC-TTATCCCATGGACAGAATTCGgtaattcttc ... atgcttttagGTGGTATTTATCTC-AT-GGAAA-TA-CACCGTATCCTTCGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagctaaattttcattcactatctgatggggatggatattcatgtatgcttttagGTGGTATTTATCTCATGGAAATACACCGTATCCTTCGTCCCGGAGGATTTTGGGTTTTGTCTGGTCCACCTGTTAACTACGAGCACAGGTGGCGTGGATG
                                              tgctttt  CT-rich tract
     aaattttcatt  TA-rich tract