1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tcataataagaaaatctatttgaatagaatagattcattatacaatagaacaacgtgattgattcaacagagtctgaacaactttaggcatttgattcagGGACATGGGTTTCATGTGAAAGCAAGCAACAGTCGTTACATGGTTGTTTATCAGTATGGGTCAGCTGTTTTGTTTAATATCGAGGATCATGAAGTGGAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G06630.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGTTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAAT GGACATGGGTTTCATGTGAAAGCAAGCAACAGTCGTTACATGGTTGTTTATEST: gi|16104742|gb|BI892482.1|BI892482
genomic: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGTTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAATgtaagattta ... tttgattcagGGACATGGGTTTCATGTGAAAGCAAGCAACAGTCGTTACATGGTTGTTTAT
EST: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGTTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAAT GGACATGGGTTTCATGTGAAAGCAAGCAACAGTCGTTACATGGTTGTTTATEST: gi|254324255|gb|GR840572.1|GR840572
genomic: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGTTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAATgtaagattta ... tttgattcagGGACATGGGTTTCATGTGAAAGCAAGCAACAGTCGTTACATGGTTGTTTAT
EST: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGTTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAAT GGACATGGGTTTCATGTGAAAGCAAGCAACAGTCGTTACATGGTTGTTTAT
genomic: CTTCAAACTATGTTGCTCTCCGTTTCTGTGACTTCAATTTGGACTCCAATgtaagattta ... tttgattcagGGACATGGGTTTCATGTGAAAGCAAGCAACAGTCGTTACATGGTTGTTTAT
tagaacaacgtgattgattcaacagagtctgaacaactttaggcatttgattcagGGACATGGGTTTCATGTGAAAGCAAGCAACAGTCGTTACATGGTTGTTTATCAGTATGGGTCAGCTGTTTTGTTTAATATCGAGGATCATGAAGTGGAAA
atttgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcataataagaaaatctatttgaatagaatagattcattatacaatagaacaacgtgattgattcaacagagtctgaacaactttaggcatttgattcagGGACATGGGTTTCATGTGAAAGCAAGCAACAGTCGTTACATGGTTGTTTATCAGTATGGGTCAGCTGTTTTGTTTAATATCGAGGATCATGAAGTGGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA