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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctcgattctcttctcccttacattacattacatgttgcctattcaaatgaggacgaatctcttcacaatttaatttattctactattccttgttatggtattccgtataagtggtttactatggtgtgaaagttacttttctctttaagaaaattgaccaattaagttcaatgatctttcatataaaacaacctagTTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAGGATATTGAGGATGTGACCCAAGAGATTGTGACAAAAACATTAAGAAGGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G00430.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120495719|gb|EH223886.1|EH223886
EST:     ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAG                         TTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
genomic: ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAGgtctcgattc ... aacaacctagTTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
EST: gi|213610490|gb|DB958795.1|DB958795
EST:     ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAG                         TTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
genomic: ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAGgtctcgattc ... aacaacctagTTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
EST: gi|213587324|gb|DB965944.1|DB965944
EST:     ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAG                         TTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
genomic: ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAGgtctcgattc ... aacaacctagTTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
EST: gi|193496071|gb|FK458623.1|FK458623
EST:     CCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAG                         TTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
genomic: CCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAGgtctcgattc ... aacaacctagTTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
EST: gi|213598958|gb|DB971958.1|DB971958
EST:     ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAG                         TTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
genomic: ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAGgtctcgattc ... aacaacctagTTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
EST: gi|9564318|gb|BE473827.1|BE473827
EST:     ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAG                         TTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
genomic: ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAGgtctcgattc ... aacaacctagTTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
EST: gi|16347459|gb|BI973054.1|BI973054
EST:     ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAG                         TTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
genomic: ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAGgtctcgattc ... aacaacctagTTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAG
EST: gi|16996771|gb|BM086143.1|BM086143
EST:     ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAG                         TTCGCAAGAGAGAACCCA
genomic: ATAACCGCTTTACCCACAAACACAGCGCTGATCTACTTATGCGGATGCAGgtctcgattc ... aacaacctagTTCGCAAGAGAGAACCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctttaagaaaattgaccaattaagttcaatgatctttcatataaaacaacctagTTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAGGATATTGAGGATGTGACCCAAGAGATTGTGACAAAAACATTAAGAAGGG
          aattgac  putative branch site (score: 3)
                                atctttcatataaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtctcgattctcttctcccttacattacattacatgttgcctattcaaatgaggacgaatctcttcacaatttaatttattctactattccttgttatggtattccgtataagtggtttactatggtgtgaaagttacttttctctttaagaaaattgaccaattaagttcaatgatctttcatataaaacaacctagTTCGCAAGAGAGAACCCAACACGTGAAGTCTTGCCCAAAGTCGGAGTTAAGGATATTGAGGATGTGACCCAAGAGATTGTGACAAAAACATTAAGAAGGG

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