Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggaaataaatcattcccacaaattcagtgtgtgtggtcatttgtactagcttgttgatgcttcttttttctttgtagGTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATAACTTGAAAGCATGGGCTGCTTCAGAAGGAATAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G28200.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10231873|gb|BE800761.1|BE800761
EST:     TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATG                         GTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA
genomic: TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATGgtatggaaat ... ttctttgtagGTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA
EST: gi|151400349|gb|EV270163.1|EV270163
EST:     TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATG                         GTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA
genomic: TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATGgtatggaaat ... ttctttgtagGTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA
EST: gi|6482302|gb|AW201571.1|AW201571
EST:     TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATG                         GTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA
genomic: TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATGgtatggaaat ... ttctttgtagGTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA
EST: gi|21479843|gb|BQ576526.1|BQ576526
EST:     TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATG                         GTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA
genomic: TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATGgtatggaaat ... ttctttgtagGTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA
EST: gi|21676461|gb|BQ628812.1|BQ628812
EST:     TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATG                         GTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA
genomic: TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATGgtatggaaat ... ttctttgtagGTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA
EST: gi|192324238|gb|FK018209.1|FK018209
EST:     AAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATG                         GTGATAGCCTAAATGCTTCTTTTGGTAGCTGTTTGTCTCTGTGGATCATGA
genomic: AAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATGgtatggaaat ... ttctttgtagGTGATAGCCTAAATGCTTC-TTTGGTAGCTG-TTGTCTCTGTGGATCATGA
EST: gi|6481851|gb|AW201122.1|AW201122
EST:     TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATG                         GTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA
genomic: TGAAAACGTATATGCCAAATGCAAATTTGTGGCGCAATGCTTTGTATATGgtatggaaat ... ttctttgtagGTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcagtgtgtgtggtcatttgtactagcttgttgatgcttcttttttctttgtagGTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATAACTTGAAAGCATGGGCTGCTTCAGAAGGAATAATG
                             tgttgat  putative branch site (score: 4)
                                   tgcttcttttttcttt  CT-rich tract
                                         ttttttcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggaaataaatcattcccacaaattcagtgtgtgtggtcatttgtactagcttgttgatgcttcttttttctttgtagGTGATAGCCTAAATGCTTCTTTGGTAGCTGTTGTCTCTGTGGATCATGATAACTTGAAAGCATGGGCTGCTTCAGAAGGAATAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA