Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtgctcactgtcacaaacaactcctcgtttttgttcgaatgtacctatctgtctcatgaatcagccatgttttgaaactgacaattgttttaactttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGAGCTGCATGTATACCCCTGTCTACCGAAACTATAGGTGAATTATGGGGCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G08460.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254320400|gb|GR826849.1|GR826849
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCA-GTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         -CTTGGCTACACGTCTCCCCTCGTC-TCAGAATCTTTGTGAAGTATGCTGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCC-TCGTCCTCAGAATCTT-GTGAAGTATGCTGA
EST: gi|14126523|gb|BG790961.1|BG790961
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|254320401|gb|GR826850.1|GR826850
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|13790083|gb|BG652674.1|BG652674
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|308222728|gb|HO760638.1|HO760638
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|8284659|gb|BE022281.1|BE022281
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|208248231|gb|GE044457.1|GE044457
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGT
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGT
EST: gi|208185598|gb|GD982111.1|GD982111
EST:     A-TTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGT
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGT
EST: gi|6725412|gb|AW309811.1|AW309811
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|6724914|gb|AW309313.1|AW309313
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|7458625|gb|AW666075.1|AW666075
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|207800400|gb|GD775405.1|GD775405
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|14999633|gb|BI320471.1|BI320471
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|6566927|gb|AW234559.1|AW234559
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|19935486|gb|BQ080461.1|BQ080461
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|193527567|gb|FK487661.1|FK487661
EST:     CTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: CTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|19935230|gb|BQ080260.1|BQ080260
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|17401843|gb|BM178625.1|BM178625
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTT
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTT
EST: gi|208328132|gb|GE125888.1|GE125888
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATACTTAGTGAAGTATG
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAAT-CTT-GTGAAGTATG
EST: gi|197664691|gb|FD480364.1|FD480364
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|298174577|gb|HO017800.1|HO017800
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|21255571|gb|BQ452459.1|BQ452459
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|16346357|gb|BI971952.1|BI971952
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|308099069|gb|HO760910.1|HO760910
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
EST: gi|19937006|gb|BQ081106.1|BQ081106
EST:     AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAG                         GCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA
genomic: AATTTCAGCTAACATAGCTGCAAGTGTAGCTGCCAAGGCATATGAGCTAGgtctgtgctc ... ttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtctcatgaatcagccatgttttgaaactgacaattgttttaactttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGAGCTGCATGTATACCCCTGTCTACCGAAACTATAGGTGAATTATGGGGCA
                                     ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                     ttttaactttcttt  CT-rich tract
                                aattgttttaacttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtctgtgctcactgtcacaaacaactcctcgtttttgttcgaatgtacctatctgtctcatgaatcagccatgttttgaaactgacaattgttttaactttctttgtagGCTTGGCTACACGTCTCCCTCGTCCTCAGAATCTTGTGAAGTATGCTGAGAGCTGCATGTATACCCCTGTCTACCGAAACTATAGGTGAATTATGGGGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC