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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattctaagcaggatcatcttttgctccttagatgtcctagttatctttttctcacttttcacaaaatgctcagccttattttgttccatgtttttgttcataaccttgatgcaccttttcacagATCCAGACAATGGGTCCATCAATGGGTAGCGACTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G01980.2
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23729889|gb|BU763051.1|BU763051
EST:     TAGACTTGAAGGAAATGTACAGAGAACAAGTGAACTTGCTCGTTAATAAG                         ATCCAGACAATGGGTCCATCAATGGGTAGCGACTAG
genomic: TAGACTTGAAGGAAATGTACAGAGAACAAGTGAACTTGCTCGTTAATAAGgtattctaag ... cttttcacagATCCAGACAATGGGTCCATCAATGGGTAGCGACTAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcagccttattttgttccatgtttttgttcataaccttgatgcaccttttcacagATCCAGACAATGGGTCCATCAATGGGTAGCGACTAG
                                          caccttttc  CT-rich tract
      ttattttgtt  TA-rich tract