Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtttcgtaatatttgaaaaggaatttgagaatttatttcttactttatgttatcatgattcttgctgtttttgttatattcatttttatttttgaaccagGGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACAAATGGCAAATGCAGCACGAGGTAGCACCGGATCAGTAATGCTCTTCATT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G08390.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G08390.1 (Glycine max), 3'ss of exon 19
lower sequence: Vv04s0023g03870.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 20
gtttcgtaatatttgaaaaggaatttgagaatttatttcttactttatgttatcatgattcttgctgtttttgttatattcatttttattt-ttgaaccagGGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACAAATGGCAAATGCAGCACGAGGTAGCACCGGATCAGTAATGCTCTTCATT
 ||||      | | ||||| | ||||   |  |       |               | |  ||   ||| | ||  |||  || || ||| ||   ||||||||||  | || || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||   |||| || ||||  ||||| |  | ||||||  ||
-tttctgcccctattaaaagaattttgtacaactgggaaagaagagggaaatgtgctactgctgagatttatcttgaatttgttattttttgtttctccagGGTCCTGCTCTGCCTGAAGCGTGCTTTAAGAATTGCAAATGCTGCTCAACAAATGGCAAATGTGACACGGGGAAGCAGTGGATCTGCCACGCTCTTTGTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193606836|gb|FK556525.1|FK556525
EST:     TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAG                         GGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTT-AAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA
genomic: TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAGgtttgtttcc ... tttgaaccagGGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA
EST: gi|254331690|gb|GR843540.1|GR843540
EST:     TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAG                         GGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA
genomic: TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAGgtttgtttcc ... tttgaaccagGGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA
EST: gi|208262232|gb|GE060531.1|GE060531
EST:     TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAG                         GGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAG
genomic: TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAGgtttgtttcc ... tttgaaccagGGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAG
EST: gi|7327057|gb|AW620855.1|AW620855
EST:     TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAG                         GGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA
genomic: TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAGgtttgtttcc ... tttgaaccagGGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA
EST: gi|14011053|gb|BG725975.1|BG725975
EST:     TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAG                         GGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA
genomic: TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAGgtttgtttcc ... tttgaaccagGGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA
EST: gi|193527871|gb|FK488077.1|FK488077
EST:     TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAG                         GGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA
genomic: TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAGgtttgtttcc ... tttgaaccagGGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA
EST: gi|151396647|gb|EV265275.1|EV265275
EST:     TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAG                         GGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA
genomic: TCACATCTGTTTTGGGTTGATGATCATGATAACATGAAAGATGGAGAGAGgtttgtttcc ... tttgaaccagGGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgttatcatgattcttgctgtttttgttatattcatttttatttttgaaccagGGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACAAATGGCAAATGCAGCACGAGGTAGCACCGGATCAGTAATGCTCTTCATT
                                 ttcatttttattttt  CT-rich tract
                    tgtttttgttatattc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttcgtaatatttgaaaaggaatttgagaatttatttcttactttatgttatcatgattcttgctgtttttgttatattcatttttatttttgaaccagGGTCCTATTATGTCTTAAGCGGGCTTTAAGAATTGCAAATGCAGCCCAACAAATGGCAAATGCAGCACGAGGTAGCACCGGATCAGTAATGCTCTTCATT

- - - - - - - -aaaaggaa