Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagctatgtgtttgttataaattttgtttttctcctcaataagtattatctttagcttacaagttgagcttttactgttttatttaattaattaattcttcctctgtacagCACAGGGAGACATCCATGTCATTTAAAACAATGGATGATGGCCAGGTTTTATTGTATGCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G24630.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G24630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 19
lower sequence: AT5G04895.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
gtgagctatgtgtttgttataaattttgtttttctcctcaataagtattatctttagcttacaagttgagcttttactgttttatttaattaattaattcttcctctgtacagCACAGGGAGACATCCATGTCATTTAAAACAATGGATGATGGCCAGGTTTTATTGTATGCT
           ||  ||  |||      | | ||   |   ||||| |  | | | |  |       ||| |||   ||   ||     ||  |    | || || || ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || | | | || || 
-----------gtaagtc-taagacccatgtctc---tggctaagtctcctttctcgtgt-----cagagatttcggtgaaataacc--ttgttgtcctttttctttgcacagCACAGAGAGACTTCCATGTCATTCAAGACAATGGATGATGGCCAAGTATCACTATACGCG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttacaagttgagcttttactgttttatttaattaattaattcttcctctgtacagCACAGGGAGACATCCATGTCATTTAAAACAATGGATGATGGCCAGGTTTTATTGTATGCT
                                 aattaat  putative branch site (score: 3)
                                   ttaattcttcctct  CT-rich tract
       ttgagcttttactgtt  TA-rich tract