Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagagttgcttcctgtgattaaatctaactctattcaatcatcagttttaaattttagctaattgctctcttgttattcttgtttagGGAGAGCTCAGCTGATCTGACAATGATTATAGGAGCAATGTATGCTGCTGTTATTTTTGTTGGGATTAACAATTGTCAAACTGTTCAACCAATTGTAGCC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G21540.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23731165|gb|BU763691.1|BU763691
EST:     GCTTGTGCCCTCATGATAGGGACAGTATTTTGGAGAATTGGCAAAAACAG                         GGAGAGCTCAGCTGATCTGACAATGATTATAGGAGCAATGTATGCTGCTGT
genomic: GCTTGTGCCCTCATGATAGGGACAGTATTTTGGAGAATTGGCAAAAACAGgtaagagttg ... tcttgtttagGGAGAGCTCAGCTGATCTGACAATGATTATAGGAGCAATGTATGCTGCTGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attcaatcatcagttttaaattttagctaattgctctcttgttattcttgtttagGGAGAGCTCAGCTGATCTGACAATGATTATAGGAGCAATGTATGCTGCTGTTATTTTTGTTGGGATTAACAATTGTCAAACTGTTCAACCAATTGTAGCC
                        agctaat  putative branch site (score: 3)
                                 ctctcttgttattctt  putative PPT
           agttttaaattttagc  TA-rich tract