Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtgtatagttatttgtgtttggtattattatgcatactgttgcaagattaccaatacatgggttccctattcatgactgagaatgagattttctttacataaccatgacagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGCAGGCTGGACAAAATTATGCTACTCACCAACTTCTCCGGGATGTTATGGATATGCCTGTATTGAGATTGGTTCCTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G10870.2
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6072964|gb|AW102351.1|AW102351
EST:     TTGATGATGGATACGGAGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGCAGGCTGGACAAAATTATGCTACTCAC
genomic: TTGATGATGGATACGGAGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtatggtgta ... accatgacagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGCAGGCTGGACAAAATTATGCTACTCAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catgggttccctattcatgactgagaatgagattttctttacataaccatgacagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGCAGGCTGGACAAAATTATGCTACTCACCAACTTCTCCGGGATGTTATGGATATGCCTGTATTGAGATTGGTTCCTC
                                        acataac  putative branch site (score: 3)
                               attttctttacataa  TA-rich tract