Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaatggacttgcttccctgcatttttatcactttggcagtgctatcattgaacagtgtgaaacacattaccttgctcttaaaagatgacatagttgtagggctgcaagatgccactaacttttgctaacttttctctgaataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAAGTAGCTATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G44340.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G44340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 19
lower sequence: Vv12s0028g03130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
gtaaaatggacttgcttccctgcatttttatcactttggcagtgctatcattgaacagtgtgaaacacattaccttgctcttaaaagatgacatagttgtagggctgcaagatgccactaacttttgctaacttttctctgaataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAAGTAGCTATG
                             | || ||  | |     |  |||||   | ||| |  | || |   ||||        ||| | |  || || |     || ||    || || |    | |||    | |   ||    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||
-----------------------------accagttgtgaaagttcaaaattga---gggtgtactatatca---tgct-------aatgtc-tctttttatg-----aaaatcttgctcacctcc-ttgactgggttgttcttac---cagGTCAATGTTATGGACACATTAAGCAGACTTAGCCATGACACAGATACAGAAGTAGCAATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193711290|gb|FK643885.1|FK643885
EST:     TTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: TTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
EST: gi|7693027|gb|AW761125.1|AW761125
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
EST: gi|120530135|gb|EH258269.1|EH258269
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
EST: gi|193425219|gb|FK389906.1|FK389906
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGG
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGG
EST: gi|207763019|gb|GD731150.1|GD731150
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
EST: gi|10847592|gb|BF070244.1|BF070244
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
EST: gi|6566730|gb|AW234362.1|AW234362
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
EST: gi|10237756|gb|BE806644.1|BE806644
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
EST: gi|193458615|gb|FK423704.1|FK423704
EST:     CCGAGCAGTTCCTTTCGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGAC
genomic: CCGAGCAGTTCCTTT-GGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGAC
EST: gi|9440032|gb|BE440543.1|BE440543
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
EST: gi|22521874|gb|BU080685.1|BU080685
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
EST: gi|193437445|gb|FK401730.1|FK401730
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGG
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGG
EST: gi|120492692|gb|EH220859.1|EH220859
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
EST: gi|120530034|gb|EH258168.1|EH258168
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
EST: gi|208301986|gb|GE097466.1|GE097466
EST:     GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAG                         GTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA
genomic: GCCGAGCAGTTCCTTTGGCCCTTGGTCTACTCTGTATATCAAATCCAAAGgtaaaatgga ... ataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtagggctgcaagatgccactaacttttgctaacttttctctgaataattacagGTCAATGTTATGGATACGTTAAGCAGACTTAGCCATGATACTGATTCGGAAGTAGCTATG
                            tgctaac  putative branch site (score: 1)
                                          tgaataatta  TA-rich tract