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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtggcaaggtggaagcattttagctcttgagactctaaaacgtgttgtggttgcaggaaaccgagccagGGATGCTCTTGTTGCGCAGGGACTTAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G08040.2
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G08040.2 (Glycine max), 3'ss of exon 19
lower sequence: Vv11s0016g04420.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 18
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtggcaaggtggaagcattttagctcttgagactctaaaacgtgttgtggttgcaggaaaccgagccagGGATGCTCTTGTTGCGCAGGGACTTAA
                                                                                                                                  |||||||||||||||||  |||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||                         
catagttgcatttggcaacttcagacatgtgtagtgctctgtgtttatcttatatataatcggtatctagagattcatgcttgttggtctttgcttccagGTTGTACCACTCTTAATGAAAGCTATCGGATGGCAAGGTGGAAGCATACTAGCTCTTGAAACACTGAAACGTGTTGTGGTTGCTGGAAATCGAGCTAGGG-------------------------


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcattttagctcttgagactctaaaacgtgttgtggttgcaggaaaccgagccagGGATGCTCTTGTTGCGCAGGGACTTAA
                  ctctaaa  putative branch site (score: 3)
                   tctaaaa  TA-rich tract