Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaatagcgtggaatctcattatcaaatctttttcccttaaataaatatatatgtttttgtaatttaagaagtactaaaaacatgtcatttgaagcagGTCTTTGCAGACAATGACTCAAGTCTTAACCCAATTAGTGTTCCCCGAAGTTGGATCTGGAACCTTGATAGGCGAACAGTGTATTTTGGAACCTCCATAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G34860.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193731627|gb|FK665397.1|FK665397
EST:     CTATGAGAGGGAGCTTTCCGCTAAATGGCGCCTATTTTCAAGTCAACGAG                         GTCTTTGCAGACAATGACTCAAGCCTTAACCCAATTAGTGTTCCCCGAAGT
genomic: CTATGAGAGGGAGCTTTCCGCTAAATGGCACCTATTTTCAAGTCAACGAGgtaaaatagc ... tttgaagcagGTCTTTGCAGACAATGACTCAAGTCTTAACCCAATTAGTGTTCCCCGAAGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatatatatgtttttgtaatttaagaagtactaaaaacatgtcatttgaagcagGTCTTTGCAGACAATGACTCAAGTCTTAACCCAATTAGTGTTCCCCGAAGTTGGATCTGGAACCTTGATAGGCGAACAGTGTATTTTGGAACCTCCATAC
                             tactaaa  putative branch site (score: 1)
           tttttgtaatttaaga  TA-rich tract