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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaagactaaaaatacaataagtcaaaaataattagtaactatatcttggatggtgcaattgtaatcttaacttatactacttctattttgtcattttcagCTGCGAGTTTGTCACAAGTTGACACCAAAATTAAAAAGGGAAGTAATCCTAGGTACTACTTCCATGGACGATCCTCCACAATATCTTACG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G02740.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttggatggtgcaattgtaatcttaacttatactacttctattttgtcattttcagCTGCGAGTTTGTCACAAGTTGACACCAAAATTAAAAAGGGAAGTAATCCTAGGTACTACTTCCATGGACGATCCTCCACAATATCTTACG
                   tcttaac  putative branch site (score: 2)
                                             tcattttc  putative PPT
                taatcttaacttata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaagactaaaaatacaataagtcaaaaataattagtaactatatcttggatggtgcaattgtaatcttaacttatactacttctattttgtcattttcagCTGCGAGTTTGTCACAAGTTGACACCAAAATTAAAAAGGGAAGTAATCCTAGGTACTACTTCCATGGACGATCCTCCACAATATCTTACG

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- - - -aaaaata
- - - - - - - - - - - - aaaataa
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