1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' | 25 5' 3' | 26 5' 3' | 27 5' 3' | 28 5' 3' | 29 5' 3' | 30 5' 3' | 31 5' 3' |
...catgtgtgcatgtttcaagaacaaatggcagttttcctttcttttctttttttgtctaatgttcttgtgatctgcaatttctgctttaatttatcatcagGTCAATAAGAAGTATAAATGCTTGGAAATTGATCTTGATGGTTTATATAAAAGGATGCTGCTGCTTAAGAAAAAGAAGTATGCAGCTGTAAAGTTGCTGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G39430.1 |
intron # | 19 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAAGCTAATAAAATTGCTGTAAGAGTTATTCAAGAG GTCAATAAGAAGTATAAATGCTTGGAAATTGATCTTGATGGTTTATATAAAEST: gi|193646575|gb|FK587420.1|FK587420
genomic: GGAAGCTAATAAAATTGCTGTAAGAGTTATTCAAGAGgtaagatttg ... ttatcatcagGTCAATAAGAAGTATAAATGCTTGGAAATTGATCTTGATGGTTTATATAAA
EST: TAGATGAAATTGAGGAAGCTAATAAAATTGCTGTAAGAGTTATTCAAGAG GTCAATAAGAAGTATAAATGCTTGGAAATTGATCTTGATGGTTTATATAAAEST: gi|193488012|gb|FK453161.1|FK453161
genomic: TAGATGAAATTGAGGAAGCTAATAAAATTGCTGTAAGAGTTATTCAAGAGgtaagatttg ... ttatcatcagGTCAATAAGAAGTATAAATGCTTGGAAATTGATCTTGATGGTTTATATAAA
EST: TAGATGAAATTGAGGAAGCTAATAAAATTGCTGTAAGAGTTATTCAAGAG GTCAATAAGAAGTATAAATGCTTGGAAATTGATCTTGATGGTTTATATAA
genomic: TAGATGAAATTGAGGAAGCTAATAAAATTGCTGTAAGAGTTATTCAAGAGgtaagatttg ... ttatcatcagGTCAATAAGAAGTATAAATGCTTGGAAATTGATCTTGATGGTTTATATAA
ctttttttgtctaatgttcttgtgatctgcaatttctgctttaatttatcatcagGTCAATAAGAAGTATAAATGCTTGGAAATTGATCTTGATGGTTTATATAAAAGGATGCTGCTGCTTAAGAAAAAGAAGTATGCAGCTGTAAAGTTGCTGT
tttaatttatcatca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| catgtgtgcatgtttcaagaacaaatggcagttttcctttcttttctttttttgtctaatgttcttgtgatctgcaatttctgctttaatttatcatcagGTCAATAAGAAGTATAAATGCTTGGAAATTGATCTTGATGGTTTATATAAAAGGATGCTGCTGCTTAAGAAAAAGAAGTATGCAGCTGTAAAGTTGCTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
catgtgt
- - - -gcatgtt
- - - - - - - - aagaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttctgct