Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacggatatctgtttttccaacagactatatgttaatatatgcatggaatttgggggcaatgatctatataatttgaaatttttgtatggactgtaactgtacatcatatctattttcttgctcctgatggtgttccatttgatacagGCTCTGGGTACTGGTTTTGCTCAATTTGCTGAACCTGTATTTAGGAGGTGCATAAATATAATCCAGACCCAACAATTTGCTAAGGTTCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G24040.1
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G24040.1 (Glycine max), 3'ss of exon 18
lower sequence: Vv03s0038g02830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 18
gtacggatatctgtttttccaacagactatatgttaatatatgcatggaatttgggggcaatgatctatataatttgaaatttttgtatggactgtaactgtacatcatatctattttcttgctcctgatggtgttccatttgatacagGCTCTGGGTACTGGTTTTGCTCAATTTGCTGAACCTGTATTTAGGAGGTGCATAAATATAATCCAGACCCAACAATTTGCTAAGGTTCTG
                                            ||    || |   | | |    || |   | |  | |      |||| |  | | ||     | ||      | |      |||||| ||||  | |   | |||||  ||||||| || ||| ||||||||||||| || || |||  |||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||      
--------------------------------------------atttttttagaaaggactttattagaaggtatagattggccaaatgggcccttagtga----cttactgtgatacaaaagactgatg-tgttttactccttccagGCATTGGGTACCGGGTTTTCTCAATTTGCTGAGCCCGTCTTTCAGAGGTGCATAAACATCATCCAGACACAACAATTGGCAAAG------


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaactgtacatcatatctattttcttgctcctgatggtgttccatttgatacagGCTCTGGGTACTGGTTTTGCTCAATTTGCTGAACCTGTATTTAGGAGGTGCATAAATATAATCCAGACCCAACAATTTGCTAAGGTTCTG
                                        ttccattt  CT-rich tract
          atcatatctatttt  TA-rich tract