Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatttaccttagttaaccctctccacattgcacatacttttactttttactcgtttttgtttgtgtgtagttcacttattgactcatttctttgatgtctgcaattgcagGGAATTACTTTCATATAGTGACAGTAGTGAGCAATTGGTAGACACAGATTTAGACAAAATTAACAAGTCTAAGCCTATGAACACTGTCAAACAAATGGGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G43270.1
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51336277|gb|CO980143.1|CO980143
EST:     ATCACTGGATGCTACAGGAGGGTTTTTCAGAAGCCAATTAACTTTGAATG                         GGAATTACTTTCATATAGTGACAGTAGTGAGCAATTGGTAGACACAGATTT
genomic: ATCACTGGATGCTACAGGAGGGTTTTTCAGAAGCCAATTAACTTTGAATGgtatttacct ... gcaattgcagGGAATTACTTTCATATAGTGACAGTAGTGAGCAATTGGTAGACACAGATTT
EST: gi|9564049|gb|BE473558.1|BE473558
EST:     ATCACTGGATGCTACAGGAGGGTTTTTCAGAAGCCAATTAACTTTGAATG                         GGAATTACTTTCATATAGTGACAGTAGTGAGCAATTGGTAGACACAGATTT
genomic: ATCACTGGATGCTACAGGAGGGTTTTTCAGAAGCCAATTAACTTTGAATGgtatttacct ... gcaattgcagGGAATTACTTTCATATAGTGACAGTAGTGAGCAATTGGTAGACACAGATTT
EST: gi|120531697|gb|EH259830.1|EH259830
EST:     TCACTGGATGCTACAGGA-GGTTTNTTCAGAAGCCAATTAACTTTGAATG                         GGAATTACTTTCATATAGTGACAGTAGTGAGCAATTGGTAGACACAGATTT
genomic: TCACTGGATGCTACAGGAGGGTTT-TTCAGAAGCCAATTAACTTTGAATGgtatttacct ... gcaattgcagGGAATTACTTTCATATAGTGACAGTAGTGAGCAATTGGTAGACACAGATTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgtttgtgtgtagttcacttattgactcatttctttgatgtctgcaattgcagGGAATTACTTTCATATAGTGACAGTAGTGAGCAATTGGTAGACACAGATTTAGACAAAATTAACAAGTCTAAGCCTATGAACACTGTCAAACAAATGGGT
                              atttcttt  TA-rich tract