Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   
22  
 5'  3'   
23  
 5'  3'   
24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttagagacaagtgcctgcaattttaatttgatatctttaagatttttgtttactccatatggcaaggtatggttggaccaaaaacatttctgtttacattctgcagGTTAGAGTTTGATTTGGCAATGAAGAGCAATGATTTGAAAAGAGCTCTTCATTGTCTTCTTACCATGAGTAACAGCAGGGATATAGGACATGATGGTACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G41130.1
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G41130.2 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: AT5G24710.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 18
gtatgcttagagacaagtgcctgcaattttaatttgatatctttaagatttttgtttactccatatggcaaggtatg-gttggaccaaaaacatttctgtttacattctgcagGTTAGAGTTTGATTTGGCAATGAAGAGCAATGATTTGAAAAGAGCTCTTCATTGTCTTCTTACCATGAGTAACAGCAGGGATATAGGACATGATGGTACT
|| ||| | || | ||| | | || | | | |||| ||| | | | | | | | ||| ||| || ||| ||||| ||| |||| | |||||||| | |||||| ||||||||||| | || || || |||||||||||||| || |||||||| |||| ||| || ||||| || |||
--atccttcatccta---gcgttcaactcaaccaaaatggcatcagagatttttttttcactttgacttaggttccgagtttgacttaac---tttatgttt----tct-cagGCTGGAGTTTGACCTAGCAATGCAGAGCAATGATCTTAAGAGGGCACTTCATTGTCTTCTCACAATGAGTAATAGCAAGGACATTGGACAGGACGGTGTA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actccatatggcaaggtatggttggaccaaaaacatttctgtttacattctgcagGTTAGAGTTTGATTTGGCAATGAAGAGCAATGATTTGAAAAGAGCTCTTCATTGTCTTCTTACCATGAGTAACAGCAGGGATATAGGACATGATGGTACT
                            aaaaacattt  TA-rich tract