Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggtgtaatcaaaatgaatttgctattgttcatgttttagctttagctcaatgaattggtgtattgtttggtgcttattattttataaaattgcagCAAACACACCAGAAGAATCAGATAAAGGATTCAATAGATGTTGATGAACCGGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G28720.1
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G28720.1 (Glycine max), 3'ss of exon 18
lower sequence: Vv05s0020g01780.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 18
----gtaggtgtaatcaaaatgaatttgcta--ttgttcatgttttagct--ttagctcaatgaattggtgtattgtttggtgcttattattttataaaatt--gcagCAAACACACCAGAAGAATCAGATAAAGGATTCAATAGATGTTGATGAACCGGAAG
    |||    |  |    |||   |||||   ||| | ||   | | ||  || |       | ||  |  ||| |||| | ||  || |||| | |||||   ||||||||||| || ||||||||| |||| || || |||||||| |||||||| ||||
gtgtgtaatctttcttgccatgt-cttgctgctttggtgatccataacctactttgtatgcacactttattcatt-tttgtttctatttttttttttaaatttcacagCAAACACATCAAAAGAATCAGTTAAAAGACTCCATAGATGTGGATGAACCTGAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttagctcaatgaattggtgtattgtttggtgcttattattttataaaattgcagCAAACACACCAGAAGAATCAGATAAAGGATTCAATAGATGTTGATGAACCGGAAG
                              tgcttattattttata  TA-rich tract