Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caccataacgagacaaaatgctcaagccattcaaaatttattgtttgggaaacagctattttgttaattcttcatgctttattttaaatgtgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGCCATGCTGTGGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G21350.1
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9565739|gb|BE475248.1|BE475248
EST:     AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATG                         GTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTNTGGACTTGGC
genomic: AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtacca ... tgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
EST: gi|24206274|gb|BU965527.1|BU965527
EST:     AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATG                         GTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
genomic: AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtacca ... tgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
EST: gi|33390214|gb|CA853421.1|CA853421
EST:     AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATG                         GTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
genomic: AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtacca ... tgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
EST: gi|26048794|gb|CA785247.1|CA785247
EST:     AACCTTGCTTTTTCACCACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATG                         GGTATGGGGAACTCCTTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTC
genomic: AACCTTGCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtacca ... tgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTC
EST: gi|208059837|gb|GD859043.1|GD859043
EST:     CCTTTGTCTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATG                         GTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC
genomic: CC-TTG-CTTTTTCACAACATACTTTTCATGGGATCATGCAAAAGCTATGgtatgtacca ... tgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgggaaacagctattttgttaattcttcatgctttattttaaatgtgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGCCATGCTGTGGAG
                tgttaat  putative branch site (score: 3)
           tattttgttaattctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caccataacgagacaaaatgctcaagccattcaaaatttattgtttgggaaacagctattttgttaattcttcatgctttattttaaatgtgcaatgcagGTTATGGGGAACTCATTTCAGAAAAAGGTGTCACTACTCTTTGGACTTGGCCATGCTGTGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - aatgctc
- - - - - - - - - - - - - ccattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtttggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttcatg