Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctgtatgcatagagataagagcctgcgattttaatttgatatccttatgatttttgtttactccttatggcaaggtatggttagagcaaaaacatttctgtttacgttctgcagGTTGGAGTTTGATTTGGCAATTAAGAGCAATGATTTGAGAAGAGCTCTTCATTGTCTTCTTACCATGAGTAATAGCAGAGATATTGGACATGATGGTACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G38530.1
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G38530.1 (Glycine max), 3'ss of exon 18
lower sequence: AT5G24710.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 18
gtatgctgtatgcatagagataagagcctgcgattttaatttgatatccttatgatttttgtttactccttatggcaaggtatggttagagcaaaaacatttctgtttacgttctgcagGTTGGAGTTTGATTTGGCAATTAAGAGCAATGATTTGAGAAGAGCTCTTCATTGTCTTCTTACCATGAGTAATAGCAGAGATATTGGACATGATGGTACT
         || | |    ||   ||| | | | |  |     ||  | | |    |||| ||| | | ||     | | |  |  |    |  ||   ||| |||||    ||| |||| ||||||||||  | |||||  ||||||||||| | |  || || |||||||||||||| || |||||||||||||  || |||||||| || |||   
---------atccttc---atcctagcgttcaactcaaccaaaatggcatcagagatttttttttcactttgacttaggttccgagtttgacttaac--tttatgttt----tct-cagGCTGGAGTTTGACCTAGCAATGCAGAGCAATGATCTTAAGAGGGCACTTCATTGTCTTCTCACAATGAGTAATAGCAAGGACATTGGACAGGACGGTGTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207832844|gb|GD803982.1|GD803982
EST:     GGAATGGGCTATGCTACTGAAGCACTTCATTTGCCTGGAATATCTAAGAG                         ATTGGAGTTTGATTTGG
genomic: GGAATGGGCTATGCTACTGAAGCACTTCATTTGCCTGGAATATCTAAGAGgtatgctgta ... cgttctgcagGTTGGAGTTTGATTTGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actccttatggcaaggtatggttagagcaaaaacatttctgtttacgttctgcagGTTGGAGTTTGATTTGGCAATTAAGAGCAATGATTTGAGAAGAGCTCTTCATTGTCTTCTTACCATGAGTAATAGCAGAGATATTGGACATGATGGTACT
                            aaaaacattt  TA-rich tract