1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
...gaaatcaaactctaaagtgtgttcccctcatttgagaggagcctaatcctgttttaagccatgcttgagcctaacaatctcttggtaatgggatatgcagAAACTACGTGGGGAGCTTGACAAGCTTCTGAACAGAAAAATTGAAGAACCAGGATTTGACGTTTCTGCTGAAGGAAAGGGAGTGGTTGCTGCTGCTGTTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G35240.1 |
intron # | 18 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGTTACCTTCATTTCTCTGCTTCGAAAAGTGTCATCGAGTTAATAAGG AAACTACGTGGGGAGCTTGACAAGCTTCTGAACAGAAAAATTGAAGAACCAEST: gi|22932029|gb|BU549168.1|BU549168
genomic: GAGGTTACCTTCATTTCTCTGCTTCGAAAAGTGTCATCGAGTTAATAAGGgtaatgttcc ... ggatatgcagAAACTACGTGGGGAGCTTGACAAGCTTCTGAACAGAAAAATTGAAGAACCA
EST: GAGGTTACCTTCATTTCTCTGCTTCGAAAAGTGTCATCGAGTTAATAAGG AAACTACGTGGGGAGCTTGACAAGCTTCTGAACAGAAAAATTGAAGAACCAEST: gi|15814331|gb|BI786606.1|BI786606
genomic: GAGGTTACCTTCATTTCTCTGCTTCGAAAAGTGTCATCGAGTTAATAAGGgtaatgttcc ... ggatatgcagAAACTACGTGGGGAGCTTGACAAGCTTCTGAACAGAAAAATTGAAGAACCA
EST: GAGGTTACCTTCATTTCTCTGCTTCGAAAAGTGTCATCGAGTTAATAAGG AAACTACGTGGGGAGCTT
genomic: GAGGTTACCTTCATTTCTCTGCTTCGAAAAGTGTCATCGAGTTAATAAGGgtaatgttcc ... ggatatgcagAAACTACGTGGGGAGCTT
atcctgttttaagccatgcttgagcctaacaatctcttggtaatgggatatgcagAAACTACGTGGGGAGCTTGACAAGCTTCTGAACAGAAAAATTGAAGAACCAGGATTTGACGTTTCTGCTGAAGGAAAGGGAGTGGTTGCTGCTGCTGTTG
gcctaac putative branch site (score: 2)
ttttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaaatcaaactctaaagtgtgttcccctcatttgagaggagcctaatcctgttttaagccatgcttgagcctaacaatctcttggtaatgggatatgcagAAACTACGTGGGGAGCTTGACAAGCTTCTGAACAGAAAAATTGAAGAACCAGGATTTGACGTTTCTGCTGAAGGAAAGGGAGTGGTTGCTGCTGCTGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - tcaaact
- - - - - - - aagtgtg
- - - - - - - - - - -ttcccct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctaaca