Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggatgtccagaaatttgttgtagatattgaaaacattttaattatttgtttgttatgtaacttgcttttaaccgaataatgtcatgtgttctatatagccaacctctccttgtgagataagaccccattttggttattatgtaactttcttatgaccttcctgtgcagTGTATCGTCTTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGTCTGAACTTCCAAACGATAATAAAGATACTCCAGCTATGGCTGGTGGCATGGGTGGCATGGGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G19980.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8403737|gb|BE059304.1|BE059304
EST:     ATCATAGACCCCTTGAAGGTGATTAGGACAGCCTTGGTTGATGCAGCCAG                         TGTATCGTCTTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGTCTGAACTTCCAAA
genomic: ATCATAGACCCCTTGAAGGTGATTAGGACAGCCTTGGTTGATGCAGCCAGgtaggatgtc ... tcctgtgcagTGTATCGTCTTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGTCTGAACTTCCAAA
EST: gi|16279136|gb|BI943277.1|BI943277
EST:     ATCATAGACCCCTTGAATGTGATTAGGACAGCCTTGGTTGATGCAGCCAG                         TGTATCGTCTTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGTCTGGACTTCC
genomic: ATCATAGACCCCTTGAAGGTGATTAGGACAGCCTTGGTTGATGCAGCCAGgtaggatgtc ... tcctgtgcagTGTATCGTCTTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGTCTGAACTTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagataagaccccattttggttattatgtaactttcttatgaccttcctgtgcagTGTATCGTCTTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGTCTGAACTTCCAAACGATAATAAAGATACTCCAGCTATGGCTGGTGGCATGGGTGGCATGGGT
                         atgtaac  putative branch site (score: 3)
                                          ccttcctgt  putative PPT
                    ttattatgtaacttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaggatgtccagaaatttgttgtagatattgaaaacattttaattatttgtttgttatgtaacttgcttttaaccgaataatgtcatgtgttctatatagccaacctctccttgtgagataagaccccattttggttattatgtaactttcttatgaccttcctgtgcagTGTATCGTCTTTGATGACAACAACTGAAGCTGTTGTGTCTGAACTTCCAAACGATAATAAAGATACTCCAGCTATGGCTGGTGGCATGGGTGGCATGGGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG