Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtcaaacatagcttataattataaagatagaaatcgttatggctatttaggaaccatgttaaattagcttatgattttgttttttttaatatggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTCACAGTCCCACCTCGTTCGTTCACATCATTTGATCTGCTGAAACAATCCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G30450.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254323777|gb|GR836116.1|GR836116
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
EST: gi|23733336|gb|BU764862.1|BU764862
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
EST: gi|207819161|gb|GD789865.1|GD789865
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
EST: gi|14125862|gb|BG790300.1|BG790300
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
EST: gi|23725399|gb|BU760653.1|BU760653
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGCC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
EST: gi|6227863|gb|AW156462.1|AW156462
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
EST: gi|10253908|gb|BE821723.1|BE821723
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
EST: gi|15285857|gb|BI469748.1|BI469748
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
EST: gi|13312086|gb|BG405737.1|BG405737
EST:     TTACATTTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GGGGTGCCAATCCCAAGTCTACCTCAGAATGTTGAGAAGG
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGG
EST: gi|14125033|gb|BG789471.1|BG789471
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
EST: gi|207782185|gb|GD753756.1|GD753756
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
EST: gi|21888837|gb|BQ742050.1|BQ742050
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAACGACATGAATGTC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
EST: gi|15285949|gb|BI469840.1|BI469840
EST:     TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAG                         GTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC
genomic: TTACATCTGCAAATGTAATGGATGAGAACTCCTTCTCACAGCCAAAGAAGgtacctcaag ... atggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaggaaccatgttaaattagcttatgattttgttttttttaatatggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTCACAGTCCCACCTCGTTCGTTCACATCATTTGATCTGCTGAAACAATCCA
                                      ttttaat  putative branch site (score: 3)
          atgttaaattagctta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcaaacatagcttataattataaagatagaaatcgttatggctatttaggaaccatgttaaattagcttatgattttgttttttttaatatggtttcagGTGGTGCCAATCCAAAGTCTACTTCAGAATGTTGAGAAGGACATGAATGTCACAGTCCCACCTCGTTCGTTCACATCATTTGATCTGCTGAAACAATCCA

- caaacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttatg