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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtagacaagggagggtgcttatgctagtgaccttctgttttcttttgtactttaagttcagcacattcacctttgaatcttggtacttacattaaacagGTGGTTAGGGTTCTAAGAGCAAATCCAGTAATTGTTATGGCAGTTACTGCAATGGTCTTGGCTAGCCTGGTTCATCCATCCTTTGGTCTCCTTATACTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G24220.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192300635|gb|FG991062.1|FG991062
EST:     NNNNCCTTCGTTGGTTTGTTAATCATTCGTCTAGCTTCTTTTCTCTAAAG                         GTGGTTAGGGTTCTAAGAGCAAATCCAGTAATTGTTATGGCAGTTACTGCA
genomic: TTTTCCTTCGTTGGTTTGTTAATCATTCGTCTAGCTTCTTTTCTCTAAAGgtaaagtaca ... cattaaacagGTGGTTAGGGTTCTAAGAGCAAATCCAGTAATTGTTATGGCAGTTACTGCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtactttaagttcagcacattcacctttgaatcttggtacttacattaaacagGTGGTTAGGGTTCTAAGAGCAAATCCAGTAATTGTTATGGCAGTTACTGCAATGGTCTTGGCTAGCCTGGTTCATCCATCCTTTGGTCTCCTTATACTTC
                                       tacttac  putative branch site (score: 1)
                                          ttacattaaa  TA-rich tract