Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagctatttgtttcttataatttttgtttttctcctcggtaagttctatgattagtttacaagttgagcttttactgttttatttgattaattaattcttcctctgtacagCACAGGGAGACATCCATGTCATTCAAAACAATGGATGATGGCCAGGTTTTATTGTATGCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G29910.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G29910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 17
lower sequence: AT5G04895.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
gtgagctatttgtttcttataatttttgtttttctcctcggtaagttctatgattagtttacaagttgagcttttactgttttatttgattaattaattcttcctctgtacagCACAGGGAGACATCCATGTCATTCAAAACAATGGATGATGGCCAGGTTTTATTGTATGCT
             |   | |||      | | ||   | | |||||    |   | || |       ||| |||   ||   ||     ||  |    | || || || ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | | || || 
------------gtaagtctaagacccatgtctc---tggctaagtctcctttctcgtgt-----cagagatttcggtgaaataacc--ttgttgtcctttttctttgcacagCACAGAGAGACTTCCATGTCATTCAAGACAATGGATGATGGCCAAGTATCACTATACGCG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttacaagttgagcttttactgttttatttgattaattaattcttcctctgtacagCACAGGGAGACATCCATGTCATTCAAAACAATGGATGATGGCCAGGTTTTATTGTATGCT
                                 aattaat  putative branch site (score: 3)
                                   ttaattcttcctct  CT-rich tract
             ttttactgttttattt  TA-rich tract