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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttttctccatgccttaaacatttgaatctcatttatattattgaaaggtgacaaccttgtttattcgtgtttgattccatgttttagCAACCGGAAGGTGAGAGGTCCCCTCAACTTTGATGATGTTGATATCGGGTTGGTGAGTGACTCTATGGTTGCAAACAGCCTCTATCTGCAGAATGGAAGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G26170.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18713082|gb|BM522704.1|BM522704
EST:     TATCAGAGCCCGTCAAAAGACCTGACCGCCATCAATAACCGTTTGAATGG                         CAACCGGAAGGTGAGAGGTCCCCTCAACTTTGATGATGTTGATATCGGGTT
genomic: TATCAGAGCCCGTCAAAAGACCTGACCGCCATCAATAACCGTTTGAATGGgtatgctttt ... catgttttagCAACCGGAAGGTGAGAGGTCCCCTCAACTTTGATGATGTTGATATCGGGTT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatattattgaaaggtgacaaccttgtttattcgtgtttgattccatgttttagCAACCGGAAGGTGAGAGGTCCCCTCAACTTTGATGATGTTGATATCGGGTTGGTGAGTGACTCTATGGTTGCAAACAGCCTCTATCTGCAGAATGGAAGC
                                    gtttgat  putative branch site (score: 5)
     ttattgaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtatgcttttctccatgccttaaacatttgaatctcatttatattattgaaaggtgacaaccttgtttattcgtgtttgattccatgttttagCAACCGGAAGGTGAGAGGTCCCCTCAACTTTGATGATGTTGATATCGGGTTGGTGAGTGACTCTATGGTTGCAAACAGCCTCTATCTGCAGAATGGAAGC

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