Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcaggactgtttgggagattaagcaaaagacattggttgatatggctgttgatagAGGATGCTACATAGACCAGAGTCAGAGCTTGAATATTCACATGGATCAACCCAACTTTGGAAAGTTGACTTCTTTGCATTTCTATGCATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G15360.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G15360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 17
lower sequence: LOC_Os06g07210.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
-------------------------------------------------------------------------------------gtcaggactgtttgggagattaagcaaaagacattggttgatatggctgttgatagAGGATGCTACATAGACCAGAGTCAGAGCTTGAATATTCACATGGATCAACCCAACTTTGGAAAGTTGACTTCTTTGCATTTCTATGCATG
                                                                                       ||| || ||||||||||| ||||| || ||  | ||||| |||||||||||| | ||||||||||| || ||||| |||||  | ||| |||||||||| |||                                         
gtatgttgttcattgtcctaaactcctaatgctatgttctaccagatgcagatattcatttatctaaacgtttaacctcaattgttccagAACGGTTTGGGAGATAAAGCAGAAAACGCTTGTTGACATGGCTGTTGATCGTGGATGCTACATTGATCAGAGCCAGAGTCTTAATGTTCACATGGAACAA-----------------------------------------

upper sequence: GLYMA08G15360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G340527_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
------------------------------------------------------------------------------------------gtcaggactgtttgggagattaagcaaaagacattggttgatatggctgttgatagAGGATGCTACATAGACCAGAGTCAGAGCTTGAATATTCACATGGATCAACCCAACTTTGGAAAGTTGACTTCTTTGCATTTCTATGCATG
                                                                                            |||||||||||||||||| ||||| || || || ||||||||||| |||||  | |||||||| || |||||||| |||||| | ||  | |||||||| |||                                         
gtatgtatttcaaccagatgccattatttcctataaaattcgattactaatttactgtttgagcttctaaagtttatatacaattattgcaccagGACTGTTTGGGAGATCAAGCAGAAAACTTTAGTTGATATGGCGGTTGACCGTGGATGCTATATTGACCAGAGCCAGAGCCTCAACGTCCACATGGAGCAA-----------------------------------------

upper sequence: GLYMA08G15360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 17
lower sequence: Vv07s0031g01990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
--------------------------------------------------------------------------------gtcaggactgtttgggagattaagcaaaagacattggttgatatggctgttgatagAGGATGCTACATAGACCAGAGTCAGAGCTTGAATATTCACATGGATCAACCCAACTTTGGAAAGTTGACTTCTTTGCATTTCTATGCATG
                                                                                 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||                                         
gtatgtatttatcatttgtttcttgtctttctttttacccacattttatactcctttctgtactaagacaatttcttgcaatcagGACTGTTTGGGAGATCAAGCAAAAGACATTGGTTGATATGGCTGTGGACCGTGGATGCTACATAGACCAGAGTCAAAGCCTGAATATACACATGGACCAA-----------------------------------------


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaggactgtttgggagattaagcaaaagacattggttgatatggctgttgatagAGGATGCTACATAGACCAGAGTCAGAGCTTGAATATTCACATGGATCAACCCAACTTTGGAAAGTTGACTTCTTTGCATTTCTATGCATG
                                  ggttgat  putative branch site (score: 5)
               agattaa  TA-rich tract