Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataatttgaaaaataacttccacagtattgtagtaatgcattgtactagtagagcaattgttttaggagcagattaatcccctaatttcattgacatattgaatgaaacaatgcagGATTATGGTTCTACTGCTAAGTTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G10870.2
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6072964|gb|AW102351.1|AW102351
EST:     GGAAAGCAAGCCTGGCATG                         GATTATGGTTCTACTGCTAAGTTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
genomic: GGAAAGCAAGCCTGGCATGgtataatttg ... aacaatgcagGATTATGGTTCTACTGCTAAGTTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaggagcagattaatcccctaatttcattgacatattgaatgaaacaatgcagGATTATGGTTCTACTGCTAAGTTGCTATTGGATTTTGAGTTACTGAACCAG
                           cattgac  putative branch site (score: 3)
                     taatttcatt  TA-rich tract