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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggtcttagcacaccccgctgaacttcaattatcaattttcaacctttggatttgatatctgattatatggataacgtttgtgcagTTGGCTTGCACCTTGACATTTGAAGCTCTTCATGGCATGCCGTGTGATGCAGGGATTAACCATCCAAATCAATACTTCAGTGACAGTCAAAAGATATTAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G28150.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G28150.1 (Glycine max), 3'ss of exon 17
lower sequence: Vv05s0051g00930.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
gtaggtcttagcacaccccgctgaacttcaattatcaattttcaacctttggatttgatatctgattatatggataacgtttgtgcagTTGGCTTGCACCTTGACATTTGAAGCTCTTCATGGCATGCCGTGTGATGCAGGGATTAACCATCCAAATCAATACTTCAGTGACAGTCAAAAGATATTAA
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----gttatagaatttactactaaccttagatacaca----tcgaga--tggttttgttattt-acaacatgg-taacatctgtgcagTTGGCATGCACCTTAACGTTTGAAGCTGTTCATGGCTCCTCCTGTGATGCTGGAATTAATCATCCAAACCAATACTTCAGTGATAGCCAAAAGATCCTGC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcaattttcaacctttggatttgatatctgattatatggataacgtttgtgcagTTGGCTTGCACCTTGACATTTGAAGCTCTTCATGGCATGCCGTGTGATGCAGGGATTAACCATCCAAATCAATACTTCAGTGACAGTCAAAAGATATTAA
                                      ggataac  putative branch site (score: 3)
                        atatctgattatat  TA-rich tract