Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagagtgtatagttatttgtgtttagtattatttatgcatactgttgcaagattaccaatacatgggttccctattcatgactgagaatgagattttctttacataaccatgatagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGCCAACTTCTCCGGGATGTTATGGATATGCCTGTATTGAGATTGGTTCCTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G27900.2
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208165043|gb|GD964991.1|GD964991
EST:     CATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
genomic: CATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
EST: gi|193301317|gb|FK266420.1|FK266420
EST:     TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAA
genomic: TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAA
EST: gi|208219729|gb|GE016655.1|GE016655
EST:     TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAAATGG
genomic: TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAAATGG
EST: gi|208276012|gb|GE074306.1|GE074306
EST:     TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
genomic: TTGATGATGCATATGGTGCTTACTTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
EST: gi|193389910|gb|FK353675.1|FK353675
EST:     TTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAG                         GTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC
genomic: TTTGATTTTGGAAATCATACAGAGAAGgtagagtgta ... accatgatagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catgggttccctattcatgactgagaatgagattttctttacataaccatgatagGTTCAACTTAAATGGAAAGAACTGGAGGATGGACAAAATTATGCTACTCGCCAACTTCTCCGGGATGTTATGGATATGCCTGTATTGAGATTGGTTCCTC
                                        acataac  putative branch site (score: 3)
                               attttctttacataa  TA-rich tract