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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtttatcgattttgaggaactcaattttatgcacagatgcacttagacacgtgccttactttttgttccaattttctgaatttaattatatgcatacttttaatgttgtttgcagTCAGTGCAACCTACAACCTGGTACAGATTGGTTGCTGGGCTGAACGCACAACTGCGGTTAGTTCGGCGTGGACGACTAAGAGTAACATTTCGACCTGTCC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G09230.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193317379|gb|FK282815.1|FK282815
EST:     CTCCATTCACCCTTCACAACGATAATATCCTTACCAGCCTCATGAGTCAG                         TCAGTGCAACCTACAACCTGGTACAGATTGGTTGCTGGGCTGAAC
genomic: CTCCATTCACCCTTCACAACGATAATATCCTTACCAGCCTCATGAGTCAGgtttgtttat ... ttgtttgcagTCAGTGCAACCTACAACCTGGTACAGATTGGTTGCTGGGCTGAAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgttccaattttctgaatttaattatatgcatacttttaatgttgtttgcagTCAGTGCAACCTACAACCTGGTACAGATTGGTTGCTGGGCTGAACGCACAACTGCGGTTAGTTCGGCGTGGACGACTAAGAGTAACATTTCGACCTGTCC
                                     ttttaat  putative branch site (score: 3)
         aattttctgaatttaa  TA-rich tract