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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagttgcgaagtttcatatattctttaagtaattgatatttaacttgtaaaagtttcttaatatgatacacatataatacgacttattgaatttatggcagAGGCTTGAATTTCTAGGTGACTCGGTATTGGACCTGCTTATCACATGGCATCTTTATCAGAGTCACACAGATATTGATCCAGGGGTGTTGACTGACTTAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G06060.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G06060.1 (Glycine max), 3'ss of exon 17
lower sequence: Vv04s0008g02170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
-gtagttgcgaagtttcatatattctttaagta-attgatatttaacttgtaaaagtttcttaatatgatacacatataatacgacttattgaatttatggcagAGGCTTGAATTTCTAGGTGACTCGGTATTGGACCTGCTTATCACATGGCATCTTTATCAGAGTCACACAGATATTGATCCAGGGGTGTTGACTGACTTAC
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gacacttttttttttgggtaaatacattccatggacaggagttccacatg-acttatttctt--tcttttttctttttttttttactttttgaattc-caacagCGGCTTGAATTTCTTGGCGACTCTGTGCTGGATGTGCTTATTACATGGCATCTCTATCAGAGCCACAGAGATATTGATCCAGGGGAGTTGACTGACCTGC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaaaagtttcttaatatgatacacatataatacgacttattgaatttatggcagAGGCTTGAATTTCTAGGTGACTCGGTATTGGACCTGCTTATCACATGGCATCTTTATCAGAGTCACACAGATATTGATCCAGGGGTGTTGACTGACTTAC
         tcttaat  putative branch site (score: 3)
           ttaatatgatacacat  TA-rich tract