Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cgaaataattagatactttgttaatgcattctgcgcagaataaaaatgatgtccagattgtatttattatgttctcattcctttcgtaataatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAATTCCCAATTGGAGGACGGTGACTTTCCGCAGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G00430.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31459603|gb|CD401631.1|CD401631
EST:     ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAG                         GCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
genomic: ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAGgtatgacaaa ... aatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
EST: gi|11689289|gb|BF596965.1|BF596965
EST:     ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAG                         GCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
genomic: ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAGgtatgacaaa ... aatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
EST: gi|42723073|gb|CK768972.1|CK768972
EST:     ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAG                         GCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
genomic: ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAGgtatgacaaa ... aatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
EST: gi|8827016|gb|BE210746.1|BE210746
EST:     TGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGGTTG-CTCTCATCGATGCTGGACAA                         GCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
genomic: TGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATG-TTGGCTCTCATTGATGCTGGACAGgtatgacaaa ... aatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
EST: gi|51344264|gb|CO984997.1|CO984997
EST:     ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAG                         GCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
genomic: ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAGgtatgacaaa ... aatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
EST: gi|193710694|gb|FK644652.1|FK644652
EST:     TGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAG                         GCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
genomic: TGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAGgtatgacaaa ... aatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
EST: gi|193391350|gb|FK355031.1|FK355031
EST:     ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAG                         GCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAA
genomic: ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAGgtatgacaaa ... aatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAA-
EST: gi|10253317|gb|BE821083.1|BE821083
EST:     ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAG                         GCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
genomic: ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAGgtatgacaaa ... aatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
EST: gi|7326817|gb|AW620615.1|AW620615
EST:     ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAG                         GCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT
genomic: ATGTGGTCAACACTGGGTGGGCTATGTTGGCTCTCATTGATGCTGGACAGgtatgacaaa ... aatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgatgtccagattgtatttattatgttctcattcctttcgtaataatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAATTCCCAATTGGAGGACGGTGACTTTCCGCAGCAG
           attgtatttattatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cgaaataattagatactttgttaatgcattctgcgcagaataaaaatgatgtccagattgtatttattatgttctcattcctttcgtaataatgaaacagGCTAAGAGAGATTCGCAACCACTGCACCGGGCAGCTGCATACTTGATAAATTCCCAATTGGAGGACGGTGACTTTCCGCAGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA