Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaatttcttgtgtagtacttctctgtataaaattttgttataagatagcatatttgtttactgatatttgaatgttctgaccaattattaattttgtatcttcctttgcaacatggatgtaccagGAAAGTTACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G32010.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|11413325|gb|BF425336.1|BF425336
EST:     TAATGACATTGTCAGAGACCCACATTTGTTCACTTTATCTTTTAATAGAG                         GAAAGTTACAG
genomic: TAATGACATTGTCAGAGACCCACATTTGTTCACTTTATCTTTTAATAGAGgtaaaatttc ... gatgtaccagGAAAGTTACAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatgttctgaccaattattaattttgtatcttcctttgcaacatggatgtaccagGAAAGTTACAG
               tattaat  putative branch site (score: 2)
            aattattaattttgta  TA-rich tract