1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
...gtctgagtcaaagatgtataaaaatgggcatatcagtttttaatctttgtttatattgtgttttgacattttgtcttgttccatttgatctcttatttagCCATTAATGAAAGAGCTTGATGAAATGGAAAAGATTAACGCAAAGCTGTCTGTTGCTGTTGAAGAGGTGACACTAGAGCATGTAAAGAAGAATGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G15510.1 |
intron # | 16 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACTGCTCTTTGCATCTTCAACAACAGCACAGCCAATACTGACCCCTCGG CCATTAATGAAAGAGCTTGATGAAATGGAAAAGATTAACGCAAAGCTGTCTEST: gi|58014978|gb|CX701720.1|CX701720
genomic: AACTGCTCTTTGCATCTTCAACAACAGCACAGCCAATACTGACCCCTCGGgtatgattcc ... tcttatttagCCATTAATGAAAGAGCTTGATGAAATGGAAAAGATTAACGCAAAGCTGTCT
EST: AACTGCTCTTTGCATCTTCAACAACAGCACAGCCAATACTGACCCCTCGG CCATTAATGAAAGAGCTTGATGAAATGGAAAAGATTAACGCAAAGCTGTCTEST: gi|17401211|gb|BM177993.1|BM177993
genomic: AACTGCTCTTTGCATCTTCAACAACAGCACAGCCAATACTGACCCCTCGGgtatgattcc ... tcttatttagCCATTAATGAAAGAGCTTGATGAAATGGAAAAGATTAACGCAAAGCTGTCT
EST: AACTGCTCTTTGCATCTTCAACAACAGCACAGCCAATACTGACCCCTCGG CCATTAATGAAAGAGCTTGATGAAATGGAAAAGATTAACGCAAAGCTGTCT
genomic: AACTGCTCTTTGCATCTTCAACAACAGCACAGCCAATACTGACCCCTCGGgtatgattcc ... tcttatttagCCATTAATGAAAGAGCTTGATGAAATGGAAAAGATTAACGCAAAGCTGTCT
tttgtttatattgtgttttgacattttgtcttgttccatttgatctcttatttagCCATTAATGAAAGAGCTTGATGAAATGGAAAAGATTAACGCAAAGCTGTCTGTTGCTGTTGAAGAGGTGACACTAGAGCATGTAAAGAAGAATGAG
tctcttattt CT-rich tract
ttatattgtgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtctgagtcaaagatgtataaaaatgggcatatcagtttttaatctttgtttatattgtgttttgacattttgtcttgttccatttgatctcttatttagCCATTAATGAAAGAGCTTGATGAAATGGAAAAGATTAACGCAAAGCTGTCTGTTGCTGTTGAAGAGGTGACACTAGAGCATGTAAAGAAGAATGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - -ataaaaa
- - - - - - - - - - - - - - catatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttttg