Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgagaaatttgtctatcgtattttattagacatcaacagattaaagttgaatgcccaatatcttgaaaggaaaagagtgaccaaaacataagagatttaaacttatttgttgcaagtatgcatctaactcgctttagtgaattacaattcggcactgatacattatccttgcagATGTTGTTATTGAAATAGCAAACTGGGATACATCTAAAGGGAGGGAGAAGCTACAACGTGAAATTGATGCACATGTTGCATCCGTGCGAGCATCTAAGAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G42650.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G42650.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv09s0002g02200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
gtattgagaaatttgtctatcgtattttattagacatcaacagattaaagttgaatgcccaatatcttgaaaggaaaagagtgaccaaaacataagagatttaaacttatttgttgcaagtatgcatctaactcgctttagtgaattacaattcggcactgatacattatccttgcagATGTTGTTATTGAAATAGCAAACTGGGATACATCTAAAGGGAGGGAGAAGCTACAACGTGAAATTGATGCACATGTTGCATCCGTGCGAGCATCTAAGAT
                                                                          |    | ||            |  |    ||||     |    | || ||   ||   |   |  |   |||| |||||    ||||| |  ||||| ||||||||| |||||||||   |||||||||||| || |||||||  || || ||||| |  ||||| || ||||||||||||||  | || || ||  | ||  |
--------------------------------------------------------------------------agtcaaatggttgg--tgaggggaaccggaactatgaagccataggtttgaggcttgttg--tccacaaaattgcaattgtatactgacattttatctttgcagATGCTGTTATTGAGCAAGCAAACTGGGACACCTCTAAAGTAAGAGATAAGCTTCGTCGTGACATAGATGCACATGTTGCTGCAGTTCGTGCTACCAAACT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatctaactcgctttagtgaattacaattcggcactgatacattatccttgcagATGTTGTTATTGAAATAGCAAACTGGGATACATCTAAAGGGAGGGAGAAGCTACAACGTGAAATTGATGCACATGTTGCATCCGTGCGAGCATCTAAGAT
                                           ttatcctt  CT-rich tract
                    aattacaatt  TA-rich tract