Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagaacactgcaaagcattgttggtaatatgatcatgcatgtcaaagtgtcttttggtgttgaactgttgatatttgatttccattttaaaacagGAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCCTTTGATTTATCGTGAGTTTCTGGAACTAACCAACCCGGCCCTGTATGTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G11490.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22933713|gb|BU550852.1|BU550852
EST:     GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAG                         GAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC
genomic: GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAGgtagaacact ... tttaaaacagGAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC
EST: gi|208150514|gb|GD947437.1|GD947437
EST:     GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAG                         GAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC
genomic: GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAGgtagaacact ... tttaaaacagGAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC
EST: gi|17400311|gb|BM177093.1|BM177093
EST:     GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAG                         GAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC
genomic: GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAGgtagaacact ... tttaaaacagGAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC
EST: gi|11275017|gb|BF325341.1|BF325341
EST:     GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTGTACCAAT                         GAAATTATGTACCAGAAGCTACTCTATGCAATGAGAGTAAG-CCAGTGATC
genomic: GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAGgtagaacact ... tttaaaacagGAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTG-AAGGCCAGGGATC
EST: gi|15814707|gb|BI786982.1|BI786982
EST:     GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAG                         GAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC
genomic: GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAGgtagaacact ... tttaaaacagGAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC
EST: gi|23732846|gb|BU764597.1|BU764597
EST:     GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAG                         GAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC
genomic: GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAGgtagaacact ... tttaaaacagGAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC
EST: gi|11274082|gb|BF324450.1|BF324450
EST:     GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAG                         GAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCCAGG-ATC
genomic: GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAGgtagaacact ... tttaaaacagGAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCC-AGGGATC
EST: gi|10843371|gb|BF066672.1|BF066672
EST:     GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAG                         GAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC
genomic: GTGTGATGACGTGTGCAAATTACCTTAAGCTTCCTCCTTATTCTACCAAGgtagaacact ... tttaaaacagGAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtcaaagtgtcttttggtgttgaactgttgatatttgatttccattttaaaacagGAAATTATGTACAAGAAGCTACTCTATGCAATCAGTGAAGGCCAGGGATCCTTTGATTTATCGTGAGTTTCTGGAACTAACCAACCCGGCCCTGTATGTT
                                      tttccatttt  CT-rich tract
 atatttgatttccatt  TA-rich tract