Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataattagttgttttattttctttttattcacaacagtgcttctgactgtgcctgttcaaatggttcttgttctacactatatgtagGCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGATGGGTGGAGGAAGGTGCTGAAGTTCCAGCTGAAGAAGCTGCTGCTCTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G03580.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G03580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os06g01650.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
--------------gtataattagtt--gttttattttctttttattcacaacagtgcttctgactgtgcctgtt-caaatggttcttgttctacactatatgtagGCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGATGGGTGGAGGAAGGTGCTGAAGTTCCAGCTGAAGAAGCTGCTGCTCTGA
               |  ||||  |    |     ||||    |       |||||  || |   | ||  |    ||| |  ||||| || | | ||| |    ||| ||  |||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||  | || ||||| ||  || |   ||   
gtgcttgctaaaacattaaattcatccgatcccggtttcgaactgcatgtcacagtagtttttgatttgtgtaacacaactaattctt-ttgtgccctaaa----gGCGAAGCTGGGGGAACAAAACAAGTTCTACTATGACGAGAAGCTGAAGCGGTGGGTGGAAGAAGGTGCTGACATACCTGCTGAGGAGCCTCCCCTTCCCC

upper sequence: GLYMA11G03580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os02g01490.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
---gtataatt-agttgttttatt-------ttctttttattcacaacagtgcttctgactgtgcctgttcaaatggttcttgttctacactatatgtagGCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGATGGGTGGAGGAAGGTGCTGAAGTTCCAGCTGAAGAAGCTGCTGCTCTGA
    | ||| | || | ||  |||        ||   || |   ||      ||||    |      | | | |  |   |  |||   |     || |||||||||| ||  |  |||| ||||| || ||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||| || || ||  || ||   |   
gtactttaactgagctattgaattggagccactccacttttgttcagtttctcttccatatagtaaagctaatactgagatccttcc-tatgtcttgaagGCTAAATTAGGGCAACAAAACAAGTTTTACTATGACGAAAAGCTAAAGCGATGGGTGGAGGAAGGTGCTGAGATTCCTGCCGAGGAGCCTCCTCTCCCTC

upper sequence: GLYMA11G03580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G104958_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
gta-taattagttgttttatttt--ctttttattcacaacagtgcttctgactgtgcctgttcaaatggttcttgttctacactatatgtagGCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGATGGGTGGAGGAAGGTGCTGAAGTTCCAGCTGAAGAAGCTGCTGCTCTGA
||| |  ||||    || | |      || | ||     |  ||||| ||  | | |    | | ||||||    | ||  |   | || |||| ||  | || ||  | || |||||||| ||||| |||||||||||| | ||||| || |||||||||||  | || || || ||  |  |   ||   
gtacttgttagcacattaagtacaatgttctgttgttgtctatgcttttggttctccgcagtaacatggttaccctcctg-atattctgaagGCAAAGCTAGGGGAACAGAACAAGTTCTACTATGACGAGAAGCTGAAGCGGTGGGTTGAAGAAGGTGCTGAGATCCCTGCCGAGGAGCCCCCACTTCCCC

upper sequence: GLYMA11G03580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv00s0229g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
----------gtataattagttgtt-ttattttct----------ttttattcacaacagtgcttctgactgtgcctgttcaaatggttcttgttctacact-ata-tgtagGCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGATGGGTGGAGGAAGGTGCTGAAGTTCCAGCTGAAGAAGCTGCTGCTCTGA
          | || | |  ||  | |||| ||            || | ||  |   | | | | |  ||  |     | |  |     || ||  |   | ||| || |||| ||| ||||||| | |||||| || |||||||| || || || ||||||||||| ||||||||  |||||   |||||||||||||| ||    |   
gtagcatcttgaattactgatttctattatgtttcacaccatggattctctttcctgaaatacctttatcttggttcccttatttatcatttattacattttgatactgaagGCCAAACTGGGTGAAACAAATAAATTTTATTATGACGAAAAACTTAAGAGATGGGTAGAGGAAGGGACTGAACCCCCAGCTGAAGAAGCAGCACTACCAC

upper sequence: GLYMA11G03580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv15s0021g02730.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
----------gtataattagttgttttatttt--ctttttattcacaacagtgcttctgactgtgcctgttcaaatggttcttgttctacactatatgtagGCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGATGGGTGGAGGAAGGTGCTGAAGTTCCAGCTGAAGAAGCTGCTGCTCTGA
          ||   | | |||  | ||  |   ||   | |  | ||   | ||| | ||||    || ||||||  ||  || | |   ||   || |||| ||| | ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||    | | 
gtagtttcttgtgctagttgtttctgtaaatagactccctgtatataatcat-ctttttactgg---tgatcaaatattttatgctatgttcttactgaagGCAAAACTAGGTGAGAAGAATAAATTTTATTATGATGAAAAGCTCAAGCGATGGGTTGAGGAAGGTACTGAACTTCCATCTGAAGAAGCAGCCTTGCCGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7591028|gb|AW706769.1|AW706769
EST:     TTTTGCAAAAGACAGTAGGGCTAGTCTTGAAACCTCGCTCTGGTCGACAG                         GCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGA
genomic: TTTTGCAAAAGACAGTAGGGCTAGTCTTGAAACCTCGCTCTGGTCGACAGgtataattag ... ctatatgtagGCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGA
EST: gi|9205366|gb|BE331590.1|BE331590
EST:     CTTGAAACCTCGCTCTGGTCGACAG                         GCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGA
genomic: CTTGAAACCTCGCTCTGGTCGACAGgtataattag ... ctatatgtagGCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacagtgcttctgactgtgcctgttcaaatggttcttgttctacactatatgtagGCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGATGGGTGGAGGAAGGTGCTGAAGTTCCAGCTGAAGAAGCTGCTGCTCTGA
        ttctgac  putative branch site (score: 2)
                                              tatatgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtataattagttgttttattttctttttattcacaacagtgcttctgactgtgcctgttcaaatggttcttgttctacactatatgtagGCTAAATTGGGTGACAAAAATAAGTTCTATTATGATGAGAAGCTGAAGAGATGGGTGGAGGAAGGTGCTGAAGTTCCAGCTGAAGAAGCTGCTGCTCTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT