Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctcttaggatgtttagtaatttgccacttagttctatcatacccacgagattgacaagtataattactctatttgctttcctctttccttgacctccctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTGGTTCGAGGCTCATAACCTGCGAAGCTGACAAGACGATAAAAATGTGGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G04910.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G04910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os03g21990.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 17
gtatgctcttaggatgtttagtaatttgccacttagttctatcatacccacgagattgacaagtataattactctatttgctttcctctttccttgacctccctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTGGTTCGAGGCTCATAACCTGCGAAGCTGACAAGACGATAAAAATGTGGAA
              |   || | ||||||  | |   |      |    | |    |      |  | | |||  ||      || |  ||  |     | ||   || ||| |||||||| ||||| ||  | || |||||   | | || ||| ||| ||| ||  ||||  | || || |||||||||||||| ||||||||||||||
-------------gtaagtattgatttgcatcatgtatgggctgttattatgtttct------ttaagtcactaaatcgatcatcttgattgatcttatttccaattatagGATCATTGGAGAGTGAGGCATGCATATATGCCCTTTCATACGATGTTAGTGGATCACGGCTGGTGACATGTGAAGCTGACAAGACAATAAAAATGTGGAA

upper sequence: GLYMA09G04910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: EFJ17196 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 11
gtatgctcttaggatgtttagtaatttgccacttagttctatcatacccacgagattgacaagtataattactctatttgctttcctctttccttgacctccctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTGGTTCGAGGCTCATAACCTGCGAAGCTGACAAGACGATAAAAATGTGGAA
                                                 |||   ||     |   | |    |   |||| |  ||||| |                |||||||  ||||    |||||  |||| | |||   | | |  ||  | || ||  |  | ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| 
-----------------------------------------------gtacgcattttggtggggaagtggtccaggttgcgtaactcttgctca----------tggcagGTTCGCTGGATGCCGAAGCGAGTATCTTTGCGGCTTCTTTCGACATCACCGGGACCCGACTTGTAACTTGCGAAGCTGACAAGACGATAAAAATGTGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58021862|gb|CX708603.1|CX708603
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG                         GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: gi|213591263|gb|DB983005.1|DB983005
EST:     GTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAA-TGTGAAAGCCTG                         GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACT
genomic: GTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGT-CCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACT
EST: gi|193518940|gb|FK475783.1|FK475783
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG                         GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: gi|207802812|gb|GD772681.1|GD772681
EST:     ACAATTGTCCAGCCTG                         GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACT
genomic: ACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACT
EST: gi|207817984|gb|GD791919.1|GD791919
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG                         GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: gi|21888738|gb|BQ741951.1|BQ741951
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG                         GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: gi|213602382|gb|DB980445.1|DB980445
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGACCAGCCTG                         GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: gi|10236381|gb|BE805269.1|BE805269
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCTAAACAATTGTCCAGCCTG                         GTTCATTGGACAGTGAAGC
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGC
EST: gi|192325743|gb|FK015100.1|FK015100
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG                         GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
EST: gi|209725602|gb|BW657982.1|BW657982
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTG                         GTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAGCAATCCCAAACAATTGTCCAGCCTGgtatgctctt ... cctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgacaagtataattactctatttgctttcctctttccttgacctccctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTGGTTCGAGGCTCATAACCTGCGAAGCTGACAAGACGATAAAAATGTGGAA
            ttactctatttgcttt  CT-rich tract
       tataattactctattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgctcttaggatgtttagtaatttgccacttagttctatcatacccacgagattgacaagtataattactctatttgctttcctctttccttgacctccctcctacagGTTCATTGGACAGTGAAGCTGGTATTTATGCTTGTACCTATGATCTTACTGGTTCGAGGCTCATAACCTGCGAAGCTGACAAGACGATAAAAATGTGGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA