Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgcttgatccgttaataaactaggaaaaagctgtattatattgagtaacaagttgttggcttactgcagAGGCTCTTTTGAGGTTAAATGCTGTGATCCAGCATCCTAATGCTCTTCATTCAGATAATGTAATGGCATATGACAATGCCGTTTCCGCTCTGGGAAAAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G12120.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G12120.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G033619_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
---------gta-ctgcttgatccgttaataaactaggaaaaagctgtattatattgagtaacaagttgttggcttactgcagAGGCTCTTTTGAGGTTAAATGCTGTGATCCAGCATCCTAATGCTCTTCATTCAGATAATGTAATGGCATATGACAATGCCGTTTCCGCTCTGGGAAAAAT
         ||| ||   |  |     | | |  || | |   | | |   ||  ||  ||||||  |  |   || || ||||||| || |  || ||| |   ||| ||| | ||||||||||| ||  |||  ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||
gtatggtttgtatctatgttgtattcgatttatgtatgcatttgttattcgatgctgt-taacaatcttgtttatttctacagAGGCCCTATCCAGATTATACAATGTAATCAAACATCCTAATGCCCTGGATTTGGATAATGCAATGGCCTATGACAATGCTGTTTCTGCTCTTGGAAAAAT

upper sequence: GLYMA08G12120.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv06s0004g00500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
----gtactgcttgatc--cgttaataaactaggaaaaagctgtattata--ttgagtaacaagtt---gttggcttactgcagAGGCTCTTTTGAGGTTAAATGCTGTGATCCAGCATCCTAATGCTCTTCATTCAGATAATGTAATGGCATATGACAATGCCGTTTCCGCTCTGGGAAAAAT
    || || ||||  |   |||   ||  ||           |||| |   || | |||||  |    |||| |||  | ||||||||||||  ||| ||||||  || || | |||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||
gtatgttctacttgcacattgttgggaagttaatttcttttgctattgtcctttaactaacagttcttagttgccttgtt-cagAGGCTCTTTCAAGGCTAAATGTCGTAATACGGCATCCTAATGCACTGCAACCAGATAATGTAATGGCATATGATAATGCTGTTTCTGCTCTAGGAAAAAT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataaactaggaaaaagctgtattatattgagtaacaagttgttggcttactgcagAGGCTCTTTTGAGGTTAAATGCTGTGATCCAGCATCCTAATGCTCTTCATTCAGATAATGTAATGGCATATGACAATGCCGTTTCCGCTCTGGGAAAAAT
                   tattatattgagtaa  TA-rich tract